Сюжет развивается в 2015 году во время финальной эпохи, над которой магия всё ещё властвует. Для наблюдением за безопасностью мира и выживания человечества была создана организация Caldea. Организация наблюдает за миром, который может быть увиден только с помощью магии, а также за миром, который можно измерить только наукой. Благодаря усилиям многих исследователей путь человеческой истории был определён на 100 лет в будущее. Однако, без предупреждения, царство будущего, которое находится под постоянным наблюдением Caldea, исчезло. В то же время подтвердилось вымирание человечества к 2017 году. Очевидная причина исчезновения была в японском городке Fuyuki в 2004 году. В этом городе было обнаружено "ненаблюдаемое царство", до этого никогда там не существовавшее. Caldea выпустила Великий Приказ на "Экспедицию за Священным Граалем". Экспедиция должна найти, выявить и по-возможности уничтожить вероятность, которая приведёт к вымиранию человечества.